►SPECTROMETRIE DE MASSE

• Identification de protéines par Spectrométrie de Masse (LC-MS/MS) : à partir d’un gel SDS-PAGE  ou d’une solution, après traitement enzymatique afin d’obtenir des peptides et analyse par couplage nanoLC-MS/MS. Les spectres MS/MS sont comparés aux bases de données protéiques (bases de données publiques ou spécifiques).

• Caractérisation des modifications post-traductionnelles (Phosphorylation, Acétylation…) : après éventuellement une étape d’enrichissement, recherche des modifications post-traductionnelles à partir des spectres MS/MS.
• Quantification relative des protéines (comparaison de différentes conditions) : identification et quantification relative des protéines de mélanges complexes par approche Label Free (LFQ), SILAC ou marquage TMT/iTRAQ.
• Mesure de masse moléculaire de petites molécules, peptides, de protéines d’oligonucléotides ou de polymères de synthèse : par MALDI/TOF ou ESI/Orbitrap aprés déconvolution d’ions multichargés.

Ce service propose 3 niveaux de prestations :

• la mise à disposition des équipements BLITZ et Biacore T200 et des consommables (sous réserve d’une habilitation et d’une formation pratique préalable)
• la réalisation de prestations à façon
• la prise en charge de projets complets

Le système BLITZ permet 2 types d’analyses simples, rapides et à moindre coût:

• la détection et la quantification d’une protéine taguée (His, GST, Strep …) ou d’un anticorps dans un surnageant de culture avant de vérifier rapidement le niveau d’expression de la protéine d’intérêt,
• la détection ou/et la caractérisation d’une interaction (protéine-protéine ou protéine-petite molécule, protéine-sucre, protéine-ADN/ARN) avant sa caractérisation poussée sur le Biacore T200.

Le Biacore T200, permet plusieurs types d’analyses approfondies avec une très grande sensibilité :

• la caractérisation d’interactions protéine-protéine, protéine-petite molécule, protéine-sucre, protéine-ADN/ARN, protéine-cellule, protéine-particule virale par la détermination des constantes cinétiques : constantes d’association (k_a) et de dissociation (k_d), des constantes d’affinité  (K_D  et K_A) et des constantes thermodynamiques de l’interaction (ΔG et ΔH ; analyses à différentes températures)
• la caractérisation d’anticorps : criblage et sélection du meilleur anticorps, détermination des constantes cinétiques et d’affinité, identification d’épitopes, suivi d’immunisation etc…
• l’analyse de processus de compétition ou d’assemblages multi-moléculaires : screening de drogues inhibant une interaction, caractérisation de sites d’interaction par compétition, analyse de complexes impliquant plusieurs partenaires…
• la détermination de la concentration d’une biomolécule sur la base d'une interaction spécifique de haute affinité liant un partenaire
• et enfin, la capture, l’isolement et la récupération de partenaires d’interaction inconnus, et leur identification par spectrométrie de masse.