Loredana MARTIGNETTI 

(Institut Curie, Paris)

Cancers are typically classified depending on their tissue of origin. However, recent largescale genomic experiments are providing more detailed molecular characterizations of tumors, bringing the possibility of a more accurate stratification of tumor subtypes. To date, mainly owing to the maturity and availability of high throughput DNA- and RNA- based techniques, molecular classifications of complex diseases primarily focus on genomics and transcriptomics. Protein-level measurements are underutilized due to technical hurdles. Here, we present an integrative approach including deep proteomic measurements and transcriptomic profiles of pediatric brain tumors to decipher signaling pathways and molecular mechanisms underlying different tumor subtypes. This analysis yields a number of insights about quantitative concordance between mRNA expression and protein levels in tumor profiles. We applied a pathwaybased approach, called ROMA for Representation and quantification Of Module Activity [1], to capture biological information that is
otherwise undetectable by focusing on individual genes. Our results uncover deregulations in some signaling pathways specific to poor outcome subgroups, possibly underlying mechanisms linked to bad prognosis.
[1] Martignetti L, Calzone L, Bonnet E, Barillot E, Zinovyev A. ROMA: Representation and Quantification of Module Activity from Target Expression Data. Front Genet. 2016 Feb 19;7:18

Jérôme CAVAILLE (Université de Toulouse; UPS; Laboratoire de Biologie Moléculaire Eucaryote, Toulouse)

Contact : emiliano.ricci@ens-lyon.fr

Box C/D containing small nucleolar RNAs (SNORDs) and microRNAs (miRNAs) are part of ribonucleoparticle complexes
in which they serve as RNA guides to target other cellular RNAs via Watson-Crick base-pairing. Through the formation
of perfect RNA duplexes, the vast majority of SNORDs direct site-specific 2’-0-methylation at selected nucleotides onto
ribosomal RNAs while miRNAs function in post-transcriptional gene silencing, either by accelerating degradation and/or
by inhibiting translation of the targeted mRNAs with which they associate through partial complementarities.
Strikingly, some placental mammal-specific SNORDs and microRNA genes are subjected to genomic imprinting, a
developmentally-regulated form of epigenetic regulation that causes mono-allelic expression in a parent-of-origin
specific manner. Only about 100 imprinted genes have been documented in placental mammals, yet most of them
play critical roles in pre- and post-natal growth as well as in metabolic adaptation and neurological pathways in
adulthood. Through the use of knockout mouse models, the rationale of our ongoing research is to explore the impact
of imprinted small noncoding RNA genes on the evolution, expression and function of mammalian genomes, including
in pathological contexts such as the Prader-Willi syndrome.

Salle des Thèses Chantal Rabourdin-Combe                                                                                                        

Inna MENKOVA-GARNIER (Vaccine Research Institute(VRI), INSERM U955 Hôpital Henri Mondor, Paris) 

Contact :  jean-françois.nicolas@inserm.fr
                marc.vocanson@inserm.fr

Malgré leur efficacité pour réduire la réplication du VIH, les traitements antirétroviraux ne s’accompagnent pas systématiquement d’une restauration du compartiment des lymphocytes T CD4+ périphériques. L’espérance et la qualité de vie des individus en échec immunologique sont grandement impactées. On retrouve chez les non-répondeurs immunologiques (INR) une activation lymphocytaire (fréquence des lymphocytes CD8+CD38+), une inflammation persistante (CRP, IL-6) et des signes de l’atteinte de la thymopoïèse (fréquence des récents émigrants thymiques CD4+ et CD8+). La fréquence des progéniteurs hématopoïétiques circulants n’étant pas différente entre les deux groupes de patients, nous avons analysé le potentiel de ces cellules aux stades pré-thymiques de la différenciation. En utilisant un système de co-culture des progéniteurs hématopoïétiques avec des lignées stromales, nous avons mis en évidence une altération spécifique du potentiel de différenciation T des cellules issues de patients INR impactant leur restauration périphérique (1/240.6). Ce n’était pas le cas chez les patients répondeurs immunologiques (IR : 1/86.3) pour lesquels les résultats étaient similaires aux donneurs non-VIH (1/71.9). Aucune anomalie de potentiel B n’était retrouvée (non-VIH : 1/63.1 ; IR : 1/47 et INR : 1/64). En étudiant les voies moléculaires de l’engagement des précurseurs T (Notch), de leur prolifération (IL-7/IL7R) et leur survie (Fas/FasL, TNFR, caspase-1, P2X7) nous avons constaté une diminution de la viabilité des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ chez qui on retrouvait une activation plus importante de la caspase-1, enzyme orchestrant la mort cellulaire par pyroptose. Par ailleurs, les progéniteurs CD34+ de patients INR présentait une surexpression du P2X7 (récepteur à l’ATP extracellulaire) et une absence d’expression de l’ectonucléotidase CD73 (hydrolyse de l’ATP) ce qui suggérait une susceptibilité accrue aux nucléotides extracellulaires. L’ensemble de ces données nous permet de postuler qu’il existe un microenvironnement hautement inflammatoire dans la niche médullaire des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ qui perturbe leur survie et différenciation. Une mortalité accrue des cellules CD34+ et probablement des cellules voisines amplifie l’inflammation locale. Ce processus est compensé chez certains patients par la meilleure différenciation T des progéniteurs CD34+ et la réponse immunologique qui s’en suit. Quand ce n’est pas le cas l’atteinte de la lymphopoïèse est importante et l’absence de la reconstitution de la population des lymphocytes T CD4+ périphériques est observée. Ainsi, nous pensons avoir identifié une population de patients infectés par le VIH pour qui les interventions ponctuelles avec les médicaments anti-inflammatoires (par exemple, les antagonistes du P2X7) pourraient s’avérer immunologiquement bénéfiques.

S C.Mérieux  Tour Cervi

Cesar MUNOZ-FONTELA (Institut d’Hambourg – ALLEMAGNE)

Contact : mathieu.mateo@pasteur.fr

Viral hemorrhagic fevers are severe infections caused by RNA viruses from different families. Two of the
more prominent examples, Lassa fever and Ebola virus disease, have recently coincided in West Africa
causing thousands of human deaths. Despite the threat that these viral infections pose for global health,
very little is known about the basic pathophysiology mechanisms of Lassa and Ebola infection. The
scarcity of human data and the lack of immune competent animal models allowing endpoint experiments
are some of the problems associated to research with these virus. Here I will present data gathered in
my laboratory during the last five years on the physiology of the immune response against Lassa and
Ebola viruses in mice and humans. I will focus on the development of new immunocompetent animal
models and the differences between Ebola and Lassa infection. Additionally, I will discuss human data
highlighting the gaps between animal model and human immunology-based studies in the field during
Outbreaks.

A.Pasteur                                                                                               

Thomas BOUDOU  (Laboratoire des Matériaux et du Génie Physique (LMGP), UMR5628 CNRS- INP Grenoble, MINATEC)  

Invité par Claire MONGE

IBCP Conference Room level -1

Elisabetta BOERI (Institut de Biologie Structurale (IBS), Grenoble, France)

Invited by A. Page Proteomic Platform

Mass spectrometry (MS) determines the mass of biomolecules with high accuracy and sensitivity. MS performed under so-called “native conditions” (native MS) can be used to assess the mass of biomolecules that associate noncovalently. Moreover, one can determine the precise stoichiometry of intact assemblies, the direct interactions between subunits and the relative position (core vs. periphery) of subunits within a complex. By mixing subunits in a stepwise manner, a hierarchy in the assembly pathway can be determined.

Elisabetta Boeri will illustrate the application of native MS to the study of the structure of macromolecular assemblies, including protein complexes involved in host-pathogen interactions. Overall, native MS is useful for gaining important insights into the composition, structure and dynamics of macromolecular complexes.

IBCP Conference Room level -1

 Francois PAYRE  (CBI, Toulouse)

 Salle des Thèses Chantal Rabourdin-Combe

Alexander NYSTRÖM (Molecular Dermatology Lab, Department of Dermatology, Medical Center - University of Freiburg)

IBCP Conference Room level -1