February 2017
Vendredi
03 / 02 / 2017 11h00 |
« Pediatric cancer subtype characterization through network and multi-omics data analysis»
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Loredana MARTIGNETTI (Institut Curie, Paris) Cancers are typically classified depending on their tissue of origin. However, recent largescale genomic experiments are providing more detailed molecular characterizations of tumors, bringing the possibility of a more accurate stratification of tumor subtypes. To date, mainly owing to the maturity and availability of high throughput DNA- and RNA- based techniques, molecular classifications of complex diseases primarily focus on genomics and transcriptomics. Protein-level measurements are underutilized due to technical hurdles. Here, we present an integrative approach including deep proteomic measurements and transcriptomic profiles of pediatric brain tumors to decipher signaling pathways and molecular mechanisms underlying different tumor subtypes. This analysis yields a number of insights about quantitative concordance between mRNA expression and protein levels in tumor profiles. We applied a pathwaybased approach, called ROMA for Representation and quantification Of Module Activity [1], to capture biological information that is Salle des Thèses Chantal Rabourdin-Combe
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Lundi
06 / 02 / 2017 11h00 |
“Biological functions of printed small regulatory RNAs”
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Jérôme CAVAILLE (Université de Toulouse; UPS; Laboratoire de Biologie Moléculaire Eucaryote, Toulouse) Contact : emiliano.ricci@ens-lyon.fr Box C/D containing small nucleolar RNAs (SNORDs) and microRNAs (miRNAs) are part of ribonucleoparticle complexes Salle des Thèses Chantal Rabourdin-Combe |
Mardi
07 / 02 / 2017 11h00 |
« Cibler les cellules souches hématopoïétiques : nouvelle approche d’immunomodulation chez les patients VIH+ en échec de la restauration périphérique malgré le traitement antirétroviral »
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Inna MENKOVA-GARNIER (Vaccine Research Institute(VRI), INSERM U955 Hôpital Henri Mondor, Paris) Contact : jean-françois.nicolas@inserm.fr Malgré leur efficacité pour réduire la réplication du VIH, les traitements antirétroviraux ne s’accompagnent pas systématiquement d’une restauration du compartiment des lymphocytes T CD4+ périphériques. L’espérance et la qualité de vie des individus en échec immunologique sont grandement impactées. On retrouve chez les non-répondeurs immunologiques (INR) une activation lymphocytaire (fréquence des lymphocytes CD8+CD38+), une inflammation persistante (CRP, IL-6) et des signes de l’atteinte de la thymopoïèse (fréquence des récents émigrants thymiques CD4+ et CD8+). La fréquence des progéniteurs hématopoïétiques circulants n’étant pas différente entre les deux groupes de patients, nous avons analysé le potentiel de ces cellules aux stades pré-thymiques de la différenciation. En utilisant un système de co-culture des progéniteurs hématopoïétiques avec des lignées stromales, nous avons mis en évidence une altération spécifique du potentiel de différenciation T des cellules issues de patients INR impactant leur restauration périphérique (1/240.6). Ce n’était pas le cas chez les patients répondeurs immunologiques (IR : 1/86.3) pour lesquels les résultats étaient similaires aux donneurs non-VIH (1/71.9). Aucune anomalie de potentiel B n’était retrouvée (non-VIH : 1/63.1 ; IR : 1/47 et INR : 1/64). En étudiant les voies moléculaires de l’engagement des précurseurs T (Notch), de leur prolifération (IL-7/IL7R) et leur survie (Fas/FasL, TNFR, caspase-1, P2X7) nous avons constaté une diminution de la viabilité des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ chez qui on retrouvait une activation plus importante de la caspase-1, enzyme orchestrant la mort cellulaire par pyroptose. Par ailleurs, les progéniteurs CD34+ de patients INR présentait une surexpression du P2X7 (récepteur à l’ATP extracellulaire) et une absence d’expression de l’ectonucléotidase CD73 (hydrolyse de l’ATP) ce qui suggérait une susceptibilité accrue aux nucléotides extracellulaires. L’ensemble de ces données nous permet de postuler qu’il existe un microenvironnement hautement inflammatoire dans la niche médullaire des progéniteurs hématopoïétiques chez les patients VIH+ qui perturbe leur survie et différenciation. Une mortalité accrue des cellules CD34+ et probablement des cellules voisines amplifie l’inflammation locale. Ce processus est compensé chez certains patients par la meilleure différenciation T des progéniteurs CD34+ et la réponse immunologique qui s’en suit. Quand ce n’est pas le cas l’atteinte de la lymphopoïèse est importante et l’absence de la reconstitution de la population des lymphocytes T CD4+ périphériques est observée. Ainsi, nous pensons avoir identifié une population de patients infectés par le VIH pour qui les interventions ponctuelles avec les médicaments anti-inflammatoires (par exemple, les antagonistes du P2X7) pourraient s’avérer immunologiquement bénéfiques. S C.Mérieux Tour Cervi |
Mercredi
08 / 02 / 2017 11h00 |
“Immunology of hemorrhagic fever viruses in animal models and humans”
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Cesar MUNOZ-FONTELA (Institut d’Hambourg – ALLEMAGNE) Contact : mathieu.mateo@pasteur.fr Viral hemorrhagic fevers are severe infections caused by RNA viruses from different families. Two of the A.Pasteur |
Mercredi
08 / 02 / 2017 11h00 |
« Engineering microenvironments for biology: from cell adhesion to tissue organization »
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Thomas BOUDOU (Laboratoire des Matériaux et du Génie Physique (LMGP), UMR5628 CNRS- INP Grenoble, MINATEC) Invité par Claire MONGE
IBCP Conference Room level -1 |
Lundi
13 / 02 / 2017 11h00 |
“The emerging role of native mass spectrometry in investigating macromolecular complexes”
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Elisabetta BOERI (Institut de Biologie Structurale (IBS), Grenoble, France) Invited by A. Page Proteomic Platform Mass spectrometry (MS) determines the mass of biomolecules with high accuracy and sensitivity. MS performed under so-called “native conditions” (native MS) can be used to assess the mass of biomolecules that associate noncovalently. Moreover, one can determine the precise stoichiometry of intact assemblies, the direct interactions between subunits and the relative position (core vs. periphery) of subunits within a complex. By mixing subunits in a stepwise manner, a hierarchy in the assembly pathway can be determined. Elisabetta Boeri will illustrate the application of native MS to the study of the structure of macromolecular assemblies, including protein complexes involved in host-pathogen interactions. Overall, native MS is useful for gaining important insights into the composition, structure and dynamics of macromolecular complexes. IBCP Conference Room level -1 |
Lundi
13 / 02 / 2017 11h00 |
«Control of epithelial organization for adult stem cell homeostasis»
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Francois PAYRE (CBI, Toulouse)
Salle des Thèses Chantal Rabourdin-Combe |
Mardi
14 / 02 / 2017 11h00 |
"Dystrophic epidermolysis bullosa and beyond: How collagen VII deficiency provides new insights to the physiology and pathophysiology of the skin"
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Alexander NYSTRÖM (Molecular Dermatology Lab, Department of Dermatology, Medical Center - University of Freiburg)
IBCP Conference Room level -1 |