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BIBS.training

Le service BIBS proposera une formation sur les analyses bioinformatiques et biostatistiques des données de RNAseq les lundi 31 mai, jeudi 3 juin, lundi 7 et lundi 14 juin de 13h à 17h en visio conférence.

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Le programme des 4 séances est le suivant:

0. Introduction à Unix et à R (lundi 31/05, 13h-17h)
Objectif: Lancer des programmes en lignes de commandes. Connaître quelques commandes bash utiles. Introduction à la programmation en R.
Prérequis: Aucun.

1. Analyses bioinformatiques de données RNAseq; des reads bruts aux tableaux de comptage (jeudi 03/06, 13h-17h)
Objectif: Comprendre et réaliser les différentes étapes d’une analyse bioinformatique de données de RNAseq standard, des reads bruts (fichiers fastq) aux tableaux de comptage.
Prérequis: Ouvrir un terminal et connaissances de bases sur l'environnement UNIX

2. Analyses bioinformatiques de données RNAseq; Utilisation d'un pipeline (lundi 07/06 13-17h)
Objectif: Prendre en main un pipeline permettant d’automatiser les analyses de données RNAseq et reproduire les analyses de la séance précédente sur un jeu de donnée complet.
Prérequis: 1ere session + avoir un compte au PSMN et savoir s'y connecter.

remarque: cette séance est consacrée à l'automatisation des analyses bioinformatiques vue à la séance 1, nous allons réaliser les même analyses, mais sur un outils de calcul de haute performance et au moyen d'un pipeline: si vous ne souhaitez pas utiliser ces outils (ou pas tout de suite!), il est possible d'enchaîner les séances 1 et 3.

3. Analyses statistiques de données d'expression (lundi 14/06, 13h-17h)
Objectif: Réaliser une analyse d’expression différentielle sur les données issues de la séance précédente. Générer des représentations graphiques classiques de ces résultats
Prérequis: 1ere session + bases de R

(programme en PJ)

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Inscrivez vous sur le sondage suivant, la session est limitée à 12 personnes. (Si la session est pleine, n'hésitez à contacter marie.cariou@ens-lyon.fr>, nous essaierons d'en tenir compte pour l'organisation de la prochaine!)

https://sondage.ens-lyon.fr/?_u=D7u7gIheVKaZ8YwgUFx5

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