Formation PCR Quantitative

Objectifs pédagogiques

Présenter tous les paramètres des cinétiques d’amplification et de dissociation et de souligner leur importance dans les calculs de quantification
Souligner l’impact du choix des amorces sur les résultats

Comprendre l’importance de la rigueur extrême nécessaire dans cette technique à chaque étape afin d'obtenir reproductibilité et fiabilité des résultats

Analyse de la courbe de dissociation (Melting Curve Analysis), Etude de la cinétique d’amplification, Efficacité de la PCR
Quantification par PCR en temps réel
Stratégie de normalisation
Les Résultats
Publication et PCRQ : les MIQE
Validation des microarray et PCRQ haut débit
Différentes approches du génotypage ou polymorphisme en PCRQ
Dessin des amorces de PCRQ
Précautions et risques biologiques
Mise en place d’un projet de quantification : les points à considérer
Les équipements : thermocycleurs, circuit PCR, Nanodrop, bio analyseur
Les consommables
Les kits
Protocoles et optimisation
Echantillons, ARN, cDNA, ADN : nature, qualité, extraction, quantification, conservation
La reverse transcription : Une étape clé à optimiser en permanence
Le cDNA
Détecter les inhibitions de la PCR
Les amorces
La gamme d’étalonnage
Les contaminations et cross contaminations
Programmation des runs
Présentation du logiciel du StepOne Plus
Analyse des runs – Savoir identifier les erreurs
Le piège des (mauvais) algorithmes de détection du seuil
Calcul et exploitation des résultats dans Excel
Présentation d’outils gratuits pour les calculs ou la normalisation : REST, Bestkeeper
Présentation d’outils bio-informatiques pour le design des amorces : HUGO, ENSEMBL, BLAST, UPL, Primer blast, Amplify etc.
Bibliographie

Personnels scientifiques et techniques

Du 12 au 14 octobre 2015 - organisé avec Fc3Bio
Du 20 au 22 juin 2016 - organisé avec Fc3Bio
Du 10 au 12 octobre 2016 - organisé avec Fc3Bio